交警查车指挥车辆停车，造成的违章行为能不能申诉？
可以。而且是百分百免除违章行为。
先说明道路交通法规的明确规定。《道路交通安全法》第三十八条：车辆、行人应当按照交通信号通行；遇有交通警察现场指挥时，应当按照交通警察的指挥通行；在没有交通信号的道路上，应当在确保安全、畅通的原则下通行。
意思显而易见。就是交通警察现场指挥必须服从，优先顺序优于信号灯，优于交通规则。
为什么呢？我们聊聊原因。
第一，
在市区一些主干道路口，通常设有交通岗亭。就是为了保障在路口通行压力特别大，通行车辆特别多的情况下。现场由交警手势指挥车辆通行，做到最大程度的优化通行效率。比如，南北方向车流量比东西方向车流量大的时候，交警可以临时接管路口车辆通行规则。适当延长车流量大的方向通行时间。这样既能最大程度优化通行效率，又能保证不会将路口拥堵住。此时有可能某一个方向多出来的通行时间的方向车辆就会是“闯红灯”方式过路口。此时的“闯红灯”就是服从指挥。无需扣分罚款。
第二，
现场为特种车辆清理道路，优先通行。比如载着急需救助病人的救护车，急需通行去灭火的消防车，急需办案抓捕的警车等。为了尽快在拥堵的车流中疏通出一条路，就必须临时现场指挥部分车辆往两边靠，就会不可避免的压实线，过停止线等违法行为出现。此时的违法是不需要担心的。
第三，
现场突发紧急特殊情况。比如在等待红绿灯的车内有孕妇，马上临盆。此时交警指挥走非机动车道，闯红灯等违法行为也不会被处罚。正常情况下是规则，法律为准则，特殊紧急情况下，以人为本。这也符合法制的本意。
第四，
就是如题主所说，交警在统一执法，执行检查任务时。此时的路况相当于被执法的交警予以临时管控了。你只需要在确认安全的前提下，服从交警手势指挥，接受检查即可。在此过程中产生的压实线变道等违法行为被检查执法活动吸收。此违章行为不会扣分罚款。只需要提供给交警部门相关证据。例如车辆行驶记录仪拍摄影像资料，配合交警检查的纸质资料等。
综上所述，交通道路通行中规则优先顺序，现场交警手势指挥优先，其次便是工作正常的信号灯，最后则是没有信号灯的路口优先右侧路口车辆通行。
礼让，不仅是我们中华民族传承的美德，更是我们个人素质高低的直接体现。学交规，守交规。我们的道路才越来越通畅，我们人生的路才越走越宽，越走越顺。
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